通常肝素钠的作用是可延长凝血时间和凝血酶原时间，主要作用于纤维蛋白的形成，也可使血小板聚集减少，可以用于预防和治疗血栓栓塞性疾病，也可在输血时作为体外抗凝血药。
肝素钠的副作用是可能会引起自发性出血，主要表现是各种黏膜出血，关节腔积血以及伤口出血等不良反应。出血性患者以及伴有凝血迟缓的患者是禁止使用肝素钠的。