唑来膦酸最常见的不良反应是类流感样症状，在病人用唑来膦酸后大约十几个小时会出现发热、浑身疼、骨痛、无力、恶心、呕吐等症状。
这些情况可轻可重但发生率比较高，一般在第一次应用唑来膦酸的时候出现。如果以前接触过此类药物，比如阿仑膦酸钠或者输过唑来膦酸，不良反应就会轻很多。
可以通过休息、多饮水，病情能够自己缓解。严重的也可以对症治疗，吃退热药物。还有比较罕见的唑来膦酸不良反应，包括肾功能的损害，表现为一过性肌酐增加，更严重的肾功能不良事件目前临床很少见到。