舌根疼可能是叶状乳头炎导致的，可以使用碘甘油进行治疗。还可能是舌癌导致的，可以使用盐酸博莱霉素进行治疗。也可能是腺周口疮导致的，可以选择使用激素类的药物进行局部黏膜注射，如曲安奈德混悬液，醋酸泼尼松龙混悬液进行治疗。
也可能是扁桃体发炎引起的，可以服用阿莫西林或者是双黄连口服液治疗。建议患者去医院查明病因，对症治疗。应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。