萎缩性性胃炎如果伴有肠化时需要及时查明病因，定期复查胃镜，避免进一步恶化形成肿瘤。目前治疗主要是改变饮食结构，改变饮食习惯，调整生活作息。
辅助用药对症处理，比如反酸可以用奥美拉唑，胃黏膜糜烂可以用康复新液，腹胀嗳气可以用吗丁啉，如果有幽门螺杆菌感染还需要根除该菌。
为了预防恶化还可以选用中药胃复春片，摩罗丹等药物。建议出现萎缩性胃炎伴肠化的患者及时就医。