病毒性肠炎如果吐泻较重时，可用止吐剂及镇静剂，口服和静脉补液。常用的药物为柳氮磺胺吡啶，能抑制黄嘌呤氧化酶或者白细胞介导的氧自由基形成，能消除炎症。
还可以应用一部分激素类药物，如氢化可的松、强力龙、地塞米松等。必要时还可以应用一些硫唑嘌呤，此类药物在体内产生巯嘌呤，而发挥免疫抑制作用，抑制蛋白质的合成和淋巴细胞的增殖。
用药期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，在专科医生指导下使用药物。