耳聋左慈丸与通窍耳聋丸的区别是适应症，通窍耳聋丸是针对肝胆火盛引起的耳鸣、耳聋用药，耳聋左慈丸是针对对于阴虚火旺引起的耳鸣、耳聋、头晕、眼花等症施药。
同时两种药物性状上也是不一样的，通窍耳聋丸为白色光亮的水丸，除去包衣呈绿褐色，耳聋左慈丸为黑褐色的小蜜丸。药物需在医师指导下使用，年老体弱，大便溏软及脾肾两虚寒症者慎用。