根管治疗第二次是否比第一次疼与这两次的项目有关，具体的要结合实际的病情来定。第一次需要进行根管制备，对牙髓室进行彻底的清洁，第二次是对牙髓室的进一步清洁。
一般在拔除牙髓的过程中会感觉有明显的疼痛，主要与个人体质和痛点有关系，有些患者会在上药时感觉疼痛。第二次根管治疗时上药可能会使用杀神经牙髓的药物从而造成疼痛。
也可能是因为在扩根管后引起的疼痛。有些医生喜欢第二次做拔髓，所以有些会第二次比较疼。如果根管的急性牙髓炎第一次已经做了开髓，第二次直接进行根管的预备，清理牙根的时候是没有疼痛的感觉的。
建议治疗前可以详细咨询牙科医生。