牙根囊肿手术并不危险，牙根囊肿又称为根尖周囊肿，是常见的囊性病变，发生在已萌出的牙齿根尖区，常与牙根的慢性感染有关，由含上皮的根尖肉芽肿发展而来。
囊肿较小时，一般先进行根管治疗，彻底根除根管内感染，密切观察。囊肿较大时，应予手术治疗。如患牙松动明显或者感染严重，应行患牙拔除术；
如囊肿波及上颌窦或伴有上颌窦炎症时，应行上颌窦根治术。此病一般预后良好，建议患者患有牙根囊肿时，建议积极配合医生的治疗，以免贻误病情。