肛漏管的基础性治疗是保守治疗，可以局部温水坐浴，局部理疗，药物治疗等一般可以缓解病情。根本性的治疗手段是手术切除。
药物治疗：主要包括口服药及外用药，可口服头孢菌素类、甲硝唑或替硝唑等抗菌药物。外用药如使用1∶5000高锰酸钾溶液进行温水坐浴、消肿止痛洗剂，止痒软膏、金黄膏等。
手术治疗：主要包括瘘管切开术，将瘘管切开，清除里面的脓液和瘢痕组织；瘘管切除术，将瘘管的全部管壁切除，比瘘管切开术创伤大；
切开引流术，肛瘘发作期合并感染，不能手术者；挂线疗法，利用橡皮筋或丝线等材料缓慢剖开瘘管并引流等。另外还包括置管或挂线引流术、主灶切开支管旷置术、双向等压引流术等。
一般治疗：主要为保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。保持清洁肛门清洁，勤换内裤，每日用温盐水或硝矾洗剂坐浴等。
建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。