直肠粘膜炎症可以进行一般治疗、药物治疗和手术治疗等。
1.一般治疗：避免辛辣饮食，注意肛周清洁、干燥，用温水清洗肛门，洗后擦拭干净。要注意卧床休息。
2.药物治疗： （1）溃疡性直肠炎，可使用氨基水杨酸制剂，常用药物为美沙拉嗪，也可使用柳氮磺吡啶等，对于胃及十二指肠溃疡的患者禁用美沙拉嗪。如果病情严重的还可使用糖皮质激素等 （2）放射性直肠炎，控制炎症并减少出血可使用硫糖铝、甲硝唑等，软化粪便缓解肠道阻塞可使用2%苯唑卡因棉籽油保留灌肠等。 （3）由微生物感染引起的直肠炎，需要针对病原菌采取相应的抗感染治疗，如细菌感染引起的，可使用强力霉素等抗生素，病毒感染引起的可使用阿昔洛韦等并抗病毒药物。
3.手术治疗：对于溃疡性直肠炎，常采用结直肠全切除、回肠储袋肛管吻合术；放射性直肠炎出现直肠穿孔、肠瘘等时，可予以结肠造口或小肠造口等。 建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗，以免延误病情。