肛瘘口有块肉凸出来可能是肉芽组织增生、肛门息肉或肛周脓肿。原因不同，治疗不同。
1、肉芽组织增生。肛瘘慢性炎症刺激导致纤维增生凸起。其治疗主要是治疗肛瘘引发的炎症。可用温水坐浴，常用药物：1:5000高锰酸钾溶液可缓解局部疼痛，可用金黄膏局部外涂。症状严重时，可用抗菌类药如头孢菌素类、甲硝唑等。
2、肛门息肉。肛周长期受炎症刺激，可引起肠黏膜息肉生成。治疗主要是手术切除息肉。切除后将息肉根部结扎，可形成坏死脱落。
3、肛周脓肿。肛门周边很难达到无菌状态，从而引起感染，从而形成肛周脓肿。轻者可以采用口服药物治疗，常用头孢类抗生素：如头孢拉定，联合使用抗厌氧菌药物，如甲硝唑。如果已经形成脓液，可以手术切开引流，排除脓液。 日常生活需注意均衡饮食，多吃易消化食物，多吃水果和蔬菜，保持大便通畅。同时保持肛周清洁干燥。