新冠疫苗加强针第三针的不良反应有：注射部位反应、呼吸系统反应、神经系统症状、胃肠道反应、过敏等。不良反应发生率低，按照正规流程注射是一般情况下是安全的。
1、注射部位反应。注射部位的红肿疼痛、硬结、注射一侧的上肢疼痛、有麻木感等。
2、呼吸系统反应。包括发热、流涕、咽痛等类似呼吸系统疾病的反应。
3、神经系统症状。包括头晕、头痛、嗜睡、乏力等。
4、胃肠道反应。包括腹痛、腹胀、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应。
5、过敏。包括过敏性皮炎、荨麻疹、面部潮红、瘙痒、严重者有喉头水肿、呼吸困难等。新冠疫苗不良反应发生率低，按照正规流程注射是一般情况下是安全的。出现轻微的症状，是疫苗接种后的正常反应，注意休息，多喝水，密切观察即可。若出现的不良反应严重，建议要及时就医，采取针对性的处理措施。