慢性咽炎发作打新冠疫苗可能会影响疫苗的免疫效果，还会导致原有病情加重。慢性咽炎急性发作是新冠疫苗注射的禁忌症。慢性咽炎患者患病期间，由于身体免疫功能低下，此时注射疫苗一方面会影响机体产生抗体的作用，降低疫苗的免疫效果，另一方面还有可能会使原有病情加重。
如果出现发热，流涕等类似感冒症状的疫苗的副作用时，也不好进行判断。因此，慢性咽炎发作情况下，暂时不建议注射新冠疫苗，等症状痊愈以后，再在临床医生的指导下进行疫苗的注射，才更为安全。