胃间质瘤早期能治愈。患者可以通过胃镜下ESD切除，也可以在腹腔镜下切除，需要确保手术切缘阴性，没有肿瘤细胞残留。
还可以使用靶向药物治疗，如克唑替尼、阿来替尼、色瑞替尼等。胃间质瘤可能是幽门螺杆菌感染引起的；也可能是经常食用高盐、腌制食品引起的；
还可能是萎缩性胃炎引起的。上述药物治疗均需在专科医生指导下使用药物，对药物过敏者禁用，孕妇及哺乳期妇女应慎用。建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，治疗期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻等食物。