萎缩性舌炎的治疗分为一般治疗、原发病治疗等。
1.一般治疗：应停止吸烟、饮酒及尽量避免服用引起口干的药物，如阿托品等。还应保持口腔的卫生清洁。
2.原发病治疗： ①正色素性大细胞贫血：可予以口服叶酸治疗，如果胃肠道不能吸收者可以肌注亚叶酸钙。 ②干燥综合征：可用毛果芸香碱，枸橼酸糖浆等含服。 ③烟酸缺乏者：可予以盐酸酰胺片口服，或者盐酸酰胺针剂肌肉注射。 ④低色素性小细胞贫血：常用的有硫酸亚铁、富马酸亚铁、琥珀酸亚铁等，对口服不耐受者，可改为胃肠外给药，常用的有右旋糖酐铁、山梨醇铁肌注。 ⑤B族维生素缺乏：维生素B12肌肉注射。 ⑥念珠菌感染：抗真菌治疗，如伊曲康唑、氟康唑等。以上药物使用时谨遵医嘱，建议萎缩性舌炎患者，尽早前往医院就诊检查，查明病因，对症治疗。