小儿发烧后头疼可能是感染引起的，也可能是头面部的感染引起的，比如鼻炎、鼻窦炎，耳部疾病也可以引起头痛。少部分是因为中枢神经系统感染引起的，比如脑炎，但是会伴随其他的症状，比如恶心、呕吐、头疼等症状。
一般在治疗上可以服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚颗粒进行治疗。此外如果温度不太高，还可以服用小儿羚羊角颗粒、小儿豉翘清热颗粒或者小儿感冒清热颗粒，治疗发烧之后头疼的现象，效果也比较好。
还可以采取物理降温的方式治疗，如可以用温毛巾或者冷毛巾冰敷在额头、腋窝等部位也可缓解症状。建议进一步去医院做详细检查，明确具体病因后在医生指导下对症治疗。