儿童等离子消融术危害较少。但由于操作时是相对低温，所以仍然可能造成对周围组织黏膜的烧伤、手术部位形成瘢痕组织等。
操作中所用的低温等离子温度大约在70℃左右，因此会对组织、黏膜造成损伤，局部皮肤、黏膜愈合后形成瘢痕组织，对皮肤感觉产生一定影响，出现麻木等不适。
另外，如果术中形成的创面过大，可能会对非手术部位造成额外创伤。但总的来说，等离子消融术是相对安全的术式。相比其它传统手术而言，等离子消融术创伤较小、出血量少，疼痛轻微，尽管可能存在上述一些无法避免的损伤。
等离子低温消融技术应用比较广，主要是借助等离子刀，在耳鼻喉外科手术中比较常见。