如果牙根发黑发臭腐烂，可以进行根管治疗、补牙治疗、拔牙治疗等。
1.根管治疗：如果出现牙髓炎、牙髓坏死等，可以根管治疗，通过机械和化学方法去除管内的大部分感染物，然后填充根管，封闭牙冠部，防止再次出现病变，促进根尖周的愈合。
2.补牙治疗：如果牙根发黑发臭腐烂不严重，可在去除腐烂牙组织后，可通过银汞合金充填术、复合树脂充填术等补牙治疗。如果牙齿缺损的比较严重，可行牙冠修复治疗。
3.拔牙治疗：如果牙齿龋坏，仅剩残根的话，可以表现为牙根发黑、发臭、腐烂。如果毫无保留价值，可在医生的帮助下进行拔牙治疗。如果牙根发黑发臭腐烂，建议及时去牙科就诊，在医生的帮助下积极治疗。