注射新冠疫苗后，呼吸道有褐色分泌物，一般和新冠疫苗无关，多考虑是肺结核、慢性阻塞性肺疾病、肺脓肿等疾病引起痰液褐色，需根据具体的病因予以治疗。
1.肺结核：结核分枝杆菌感染引起的肺炎，炎症刺激呼吸道黏膜分泌物增加，表现为咳嗽伴铁锈色痰或褐色痰，建议在医生的指导下选用异烟肼，利福平等抗结核菌治疗；左氧氟沙星或莫西沙星等抗感染治疗；输入葡萄糖等一般营养支持治疗。
2.慢性阻塞性肺疾病：夜间阵咳，伴有白色或褐色粘痰或泡沫状痰，由于气道等慢性炎症，导致呼吸道分泌物增多。首先要戒烟，建议在医生的指导下选用噻托溴铵、糖皮质激素等药物来治疗；阿莫西林，头孢等抗生素抗感染治疗。
3.肺脓肿：咳嗽伴大量浓臭痰，痰液可为褐色，由厌氧菌吸入肺引起的肺部炎症，建议在医生的指导下选用青霉素、氨溴索、溴已新等药物治疗；体位引流脓液或经纤维支气管镜冲洗治疗；或外科手术治疗等。