一般在临床上出现的上颌窦囊肿是不会自愈的。病情相对比较轻的小囊肿不需要特殊处理，但它也不会自己消失，不会影响到患者正常的工作生活，随时复诊观察即可。
但是随着囊肿的逐渐的长大，随时会并发细菌感染出现脓肿，如出现明显的鼻塞、头痛，甚至引起反复的感染，引起发热，影响正常的工作生活，就需要借助药物治疗以及外科手术治疗才有可能达到痊愈。