胃肠间质瘤良性与恶性的区别有大小不同、生长规律不同，预后不同等。
1、大小不同：良性的一般是直径小于2cm和直径大于1cm之间，最大直径不会超过5cm。形态比较规则。 恶性的一般直径大于5cm。形态多样，内部经常出血坏死。
2、生长规律不同：良性的一般生长较为缓慢，转移较少，比较稳定。恶性的一般生长非常迅速，转移和复发性都较高。
3、预后不同：良性肿瘤的患者通过手术彻底切除，预后较为简单，大部分患者都可能得到根治，10年生存率为65%-80%。恶性肿瘤的患者，早期患者还有可能进行切除，但复发性较高，预后非常困难。如果是中后期，一般患者无法切除，一般只有9-12月的生存期。 建议患者患上胃肠间质瘤后，应该及时就医，以免延误治疗。