卵巢囊肿需要根据患者具体的患病情况来选择治疗方法，没有唯一最好的治疗方法。一般的治疗方法有自愈疗法、药物治疗以及手术治疗等。
1、自愈疗法：有些患者的囊肿体积比较小，并且患者也没有不适的症状，患者可以定期到医院做检查，患病期间可以多运动，囊肿在一段时间后可能会自行消失。
2、药物治疗：子宫内膜异位囊肿，可使用短效避孕药，如炔诺酮等。有炎症的囊肿，可以使用头孢曲松等抗感染药物。以上药物服用时，需在医生的指导下进行服用。
3、手术治疗：患者囊肿体积较大，直径大于五厘米的，药物治疗效果不佳的，可以使用巢切除术、全子宫切除术等进行治疗。 建议患者确诊后，及时到医院就医，以免延误治疗。