牙根发黑的主要原因有以下几种：
1、不良的生活习惯，饮用浓茶、咖啡、可乐这些有色素的物质，还有大量抽烟者，导致了牙齿、茶渍、烟斑、色素的附着，从而导致了牙齿的染色；
2、刷牙方式不正确，口腔滞留的食物没有及时清理感觉，导致牙菌斑的积累，时间久了会长出结石，慢慢就会导致牙齿逐渐龋坏，着色变黑。
3、还有一部分是我们牙根部位的牙齿龋坏，牙齿细菌感染之后导致的细菌的增生，导致颜色的改变。 所以，建议如果发现了类似的问题，一定要尽早去医院检查，并做相应的治疗。