导致牙根发黑的原因有很多，需要对症治疗，具体如下：
1、如果是因为抽烟、喝浓茶、咖啡或者碳酸饮料，导致色素沉着在牙齿表面，长期不处理会导致牙根发黑，需要注意勤刷牙，必要的时候可以洗牙来去除色素沉着。
2、如果是龋齿引起的牙根发黑，可能牙齿内部已经全部龋坏，仅在牙根处有发黑表现，洗牙并不能祛除，需要修补龋齿或是进行填充治疗。
3、还有些是牙结石导致的，牙菌斑长期在牙根处堆积钙化，时间长后发黑，可以使超声波洁牙祛除牙结石。 导致牙根发黑的原因较多，建议及时就诊，由医生明确原因并及时治疗。