甲状腺结节疼由以下原因引起：
1、甲状腺结节内破裂出血导致疼痛。由囊内出血引起疼痛，需要手术切除治疗。
2、甲状腺结节伴有亚急性甲状腺炎，导致甲状腺结节疼痛。 需要应用清热解毒、活血化瘀中成药，包括小金丸、小金胶囊、夏枯草口服液等对症治疗，建议及时到医院进行相关检查，在专科医生指导下进行治疗。