月经干净后三天是否会怀孕，需要看是否在安全期。如果月经周期在30天-35天，排卵日通常会在月经干净后的7-10天，在月经干净后的三天，恰恰是一个安全期，怀孕的概率会比较低。
如果月经的周期在21天，每月月经干净后的三天，就意味着已经进入到了排卵期，怀孕的概率会非常非常高。安全期也并不意味着一定不能怀孕，因为排卵受神经、环境、生活状态、压力、体内的激素水平等等多方面的影响，有的人排卵日可能会提前或者是延后，所以用安全期避孕是不安全的。