精子畸形的原因有很多。首先吸烟会导致精子畸形，且精子畸形的数目与吸烟时间成正比，吸烟时间越长，精子畸形的数目就越多；
还有内分泌失调、泌尿生殖系统感染也是造成精子畸形的一个主要的原因，严重时更会导致精子直接死亡；酗酒也会损伤精子，导致精子畸形。
除此之外，长期蒸桑拿，使睾丸处于一个高温环境下，也会导致精子畸形；还有环境污染，长期使用手机、电脑等电子产品时接受的辐射，也都会导致精子畸形。