细菌侵入泌尿系统要通过上行感染、血行感染、淋巴路及直接蔓延四条途径，其中上行感染最为常见，血行感染次之。上行感染是说细菌由尿道外口、膀胱、输尿管逆行直达肾脏。
其致病菌以大肠杆菌最为常见。另外，血行感染：细菌由感染灶，如心内膜炎或肺炎或皮肤疖痈等，自血流进入肾脏引起急性肾盂肾炎。
淋巴道感染：肾脏、输尿管、膀胱的淋巴管是相通的，特别是升结肠与右肾的淋巴管是沟通的，故当盆腔器官炎症如结肠炎、膀胱炎或阑尾炎，细菌可从淋巴道感染肾脏。
直接感染：肾脏或尿路邻近器官或组织的感染，细菌可直接侵入肾脏引起急性肾盂肾炎。