治疗艾滋病引起的腹泻，需要根据腹泻的类型和程度开展治疗措施。艾滋病早期出现的腹泻大多为功能性腹泻，出血比较严重的话，可以口服蒙脱石散等止泻药物，如果做大便常规检查和大便培养检查发现伴随细菌感染，可同时使用头孢类或者喹诺酮类抗生素治疗。
如果伴随着真菌感染，可使用抗真菌药物治疗。腹泻会导致体内水分丢失，所以应同时给予补液支持。如同时出现发烧症状，可根据体温高低选择物理方法或者服用退烧药等方法退烧。