治疗扁桃体肥大可以吃头孢拉定，甲硝唑，喷七味清咽气雾剂。可能会有异物感，疼痛。急性扁桃体炎可以输青霉素，奥硝唑，用生理盐水漱口，一般治疗七天可以痊愈。
慢性扁桃体炎经常急性发作，或者引起了心脏肾脏等并发症，或者是三度以上肿大，影响呼吸，吞咽困难等，可以手术治疗。一般扁桃体肥大是慢性扁桃体炎导致的肥大增生，三度以下肿大，没有任何症状可以不治疗。