手足口病疫苗主要是针对于肠道病毒71感染所导致的手足口病，叫做肠道病毒71型灭活疫苗。肠道病毒71型感染尤为严重，这个病原体感染所导致的重症病例是非常多的，有的孩子直接出现了死亡。
这种手足口病的疫苗对肠道病毒71型的保护力在90%以上，但是对于柯萨奇病毒a16以及其他的肠道病毒感染是没有保护力的。