头部发根长痘痘可能是毛囊炎，头发毛囊炎是由于局部有细菌和或是内分泌异常而导致的。治疗方面也要根据病原来治疗，如果是感染可以使用抗感染类的外用药、口服药。
如果头皮有严重的囊肿性痤疮和头皮穿掘性毛囊炎时，除了系统的应用抗生素类药物以外，还可以口服维甲酸类药物进行治疗。
如果囊肿里感染比较严重，还可以进行头皮局部封闭和冲洗来进行治疗。