阴茎根部皮肤瘙痒考虑是由于神经性皮炎、湿疹和股藓所导致。神经性皮炎可引起局部皮肤增厚和反复瘙痒，与自主神经紊乱有关。
湿疹可引起局部瘙痒，抓伤后会引起感染，瘙痒的症状更严重，治疗时一定要保局部的卫生干净，可外涂抗菌消炎止痒要改。股藓是真菌感染引起，可以侵犯阴茎和阴囊底部，表现为皮肤增厚和脱皮，治疗时可使用抗真菌药物治疗。
平时也要注意保持局部的卫生清洁，饮食清淡，避免辛辣刺激。