阴茎毛根疼痛可能是尿道受到感染导致的，可以用一些消炎类药物，最好去医院看医生，做检查，看看是否有毛囊炎。平时应该注意阴道卫生，勤用温水清洗，再就是不要穿紧身的内裤，一般以消炎、杀菌、干燥为原则。
不洁性交，局部长期的潮湿状态，嗜吃辛辣刺激性食物，久坐等均是该病的好发因素。要是阴茎毛根疼痛要认真对待，及早到医院明确病因。