吴茱萸用于治疗肺虚久嗽、咳喘、咯血、热病伤阴、咽干口渴、虚热烦倦、胃火牙痛等。具有强壮、抗疲劳的作用外，补气益血、抗缺氧、增强机体抗病能力及促进蛋白质合成等功效。
主温中下气，止痛，咳逆寒热，除湿血痹，逐风邪，开腠理。主痰冷，腹内绞痛，诸冷实不消，中恶，心腹痛，逆气，利五脏。
主心腹疾，积冷，心下结气，疰心痛。治霍乱转筋，胃中冷气，吐泻腹痛不可胜忍者。疗遍身顽痹，冷食不消，利大肠拥气。