肠道菌群紊乱可以服用歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片、布拉氏酵母菌等。除了此类药物以外，还要明确引发肠道菌群紊乱的病因，并且对症下药。
如果是肠胃炎引发的肠道菌群失衡，还要同时口服奥美拉唑、雷贝拉唑等药物。如果是消化不良引起的菌群失衡，还可以口服吗丁啉、健胃消食片等药物。
如果是病菌感染引发的肠道菌群失衡，还可以口服一些抗生素类的药物，比如左氧氟沙星片等。肠道菌群紊乱患者需在医生的指导下用药，切不可自行盲目用药。