肠道菌群失调可以通过菌群分析的方法检查，主要有定量分析和定性分析两种。定性分析主要用到的就是直接涂片法，与一般微生物学检查相同，这也是临床上应用较为广泛的一种定性分析法，不仅操作简单而且不需要耗费大量的时间。
而定量分析则以细菌培养为主，包括厌氧菌培养以及需氧菌培养。首先将粪质均质化，并按一定比例稀释，培养后还须计算各类细胞菌落计数以求出细菌总数值，手续麻烦，一般实验室很少采用。
建议肠道菌群失调患者及时到医院就诊。