牙龈肿疼连着半边扁桃体都疼可能是因为牙龈炎症合并扁桃体炎症所导致的，通常是由于细菌感染所致，常服用或者静脉滴注抗生素药物，如：甲硝唑，头孢他啶等。
如果合并牙龈脓肿，需要由专业医生进行盲袋冲洗，必要时行脓肿的切开引流。如果合并牙髓、根尖炎，需要进行根管治疗。药物要在医生的指导下服用，以免引起不良反应。