肛周脓肿早期可采用抗感染治疗（包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药解实毒、清热下火、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等）手术引流和一般的治疗。常见的有以下几种：
1.药物治疗抗菌药物，根据病情使用合适的抗生素，如甲硝唑、 硫酸依替米星、卡那霉素、链霉素等。缓泻剂，如蓖麻油、番泻叶等，主要起到导泻的作用，缓解排便时疼痛。
2.手术治疗脓肿切开引流是治疗直肠肛管周围脓肿的主要方法，主要包括脓肿切开引流术、脓肿切开引流＋一期挂线术，应根据患者的病情选择合适的术式。另外因肛周脓肿治疗后的效果与脓肿的位置、大小、数量都有很大关系，如早期进行手术治疗，并辅以一般治疗及药物治疗，大部分肛周脓肿可以痊愈。
3.一般治疗注意休息，保持心态平和，饮食营养充足，避免辛辣刺激食物。保持肛周清洁、干燥，便后清洗肛门部位。也可温水坐浴。 肛周脓肿为发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病，如处理不及时可引起皮肤表面破溃，形成肛瘘，感染严重时，可使带有病原体的脓性液体侵入血液，导致严重的脓毒血症和感染性休克，危及生命。 建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。