根管预备后下一步的治疗是根管消毒、填充，用专门的充填材料将牙根管填满，防止再感染。根管消毒非感染性的根管预备后可以直接填充。
感染性根管经过机械预备和冲洗后，需要进行根管的消毒，防止其再次感染。消毒方法包括：药物如：氢氧化钙，氯已定等进行根管封药或者诊间封药，激光，微波，超声等。
根管填充前两步进行完毕后，患者如没有明显的叩击痛，渗出，口腔异味，以及急性根尖周炎的症状，即可以进行根管填充。常用材料为：牙胶尖和根管封闭剂。
填充方法有：侧方加压充填和垂直加压充填。根管填充后，可以防止细菌进入根管系统造成再次感染。建议患者去正规的口腔医院，在医生的指导下进行治疗。