手术是治疗高位肛瘘的根本方法，也是最佳方法，目前常用的手术方式主要分为两大类，括约肌切断术式和括约肌保留术式。
1.括约肌切断术式：挂线疗法目前仍是治疗高位肛瘘的重要手段，在治疗高位或者复杂性肛瘘的同时可以尽可能的保持肛门功能。手术有一定的禁忌症，如凝血功能障碍者禁用、感染未控制者、存在严重全身性疾病者等禁用这些手术。
2.括约肌保留术式：包括挂浮线、生物补片内口修补术、Coring-out法、生物蛋白胶封堵术、肛瘘切除黏膜瓣成形术和显微肛瘘切除术等。 如暂时无法手术治疗，可药物治疗。如急性发作期可以使用抗生素，但使用时间一般不要超过一周，如青霉素、阿莫西林、四环素等抗感染治疗。也可应用活血消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏缓解症状。以上药物服用时谨遵医嘱，高位肛瘘的手术治疗，需要在专业医师指导下结合个人情况治疗。