吃了避孕药有褐色分泌物，有以下几种原因，具体分析如下：
1、撤退性出血：避孕药主要组成为激素，服用避孕药后，在停用后会引起撤退性出血。如无其他不适，可先行观察，不需要做特殊处理。
2、药物不良反应：避孕药一般由雌激素和孕激素组成或单一激素组成。会有月经不调、出血、分泌物增多、乳房胀痛等不良反应，出现褐色分泌物后，无其他不适可以先观察，不需治疗，在停用避孕药后一段时间，可自行恢复。
3、月经来潮先兆：避孕药的不良反应中有月经失调，服用避孕药后有可能导致月经紊乱，不排除月经来潮先兆。如果出血量逐渐增大，建议到医院及时就诊，遵医嘱治疗。