痔疮手术注射亚甲蓝主要是用于止痛，也可以用于染色，在术中标记病变位置。临床上一般在患处皮下注射亚甲蓝加局麻药和盐水，既能减缓局部疼痛，又能改善局部瘙痒症状。
因为注射可能引起周围皮肤坏死等风险，因此注射时必须要注意量不要大、浓度要低、注射不要过深也不要太浅。此外，亚甲蓝在手术过程中用于染色，通常用在肛瘘手术，在手术之前可以从肛瘘的外口注入亚甲蓝，亚甲蓝会沿着瘘管进行染色，以方便在手术过程中寻找内口和窦道。