宝宝高烧39℃叫眼睛疼，一般情况下，不是很严重。常见以下几种情况：
1、体内细菌或病毒感染导致发热，同时也可以诱发鼻窦炎，从而会出现鼻塞、脓性分泌物增多的情况，可伴有眼睛疼痛。一般治疗鼻窦炎后，眼睛疼的症状也会随之缓解。
2、由于发热导致睡眠质量下降，休息不好而引发的视疲劳症状，也可以出现眼睛疼痛。一般等发热症状缓解后，注意休息，眼睛疼的症状即可缓解或消失。
3、当病毒侵犯上呼吸道导致发热的同时，病毒也会侵害结膜导致结膜炎的发生，在炎症刺激下，可以表现出结膜分泌物增多伴有眼睛疼痛的症状。建议积极治疗结膜炎，眼睛疼的症状也会得到缓解。若不能缓解，建议及时就医，在医生的指导下进行相应的治疗。