治疗肛裂可以使用止痛麻醉类药膏，如利多卡因凝胶，还可以使用促进肛裂的裂口愈合药膏治疗，比如太宁软膏、湿润烧伤膏、马应龙痔疮膏、表皮生长因子等。
也可以使用缓解肛裂周期性疼痛的药膏治疗，如硝酸甘油软膏。这些药膏的使用方法都是外涂，但每次使用之前都应该先将肛门使用温水清洗干净。
每天至少使用两次，每次大便之后都应该重复上药，以保证疗效。要注意的是，如果肛裂比较严重，不能单纯依赖药物治疗，最好安排合适的时间做手术治疗。