肠镜检查属于侵入性检查，每一个人对疼痛的敏感度不同，所以感受到的疼痛程度也是不同的。一般来说，检查过程中有剧烈转弯时可出现牵拉痛，而体型微胖的人群的疼痛感往往比较轻，之前做过肠道手术的人，感受到的疼痛程度比较明显，有些患者甚至感觉比生孩子还疼。
普通肠镜检查是在清醒状态下完成的，对直肠和结肠病变的诊断和治疗都具有较大帮助作用，进行检查时，需要把检查设备从患者的肛门慢慢伸入乙状结肠，一直到达回盲肠部。
如果检查时比较怕痛和比较紧张，也可以做无痛肠镜检查，也就是说检查前先注射麻醉药物。