如果阴茎上面长出的小水泡是生殖器疱疹的原因造成的，那一般都是近期有过一些不洁的性生活，可以在局部涂抹一些具有抗病毒效果的药物治疗，生殖器上的疱疹属于痛性水泡，如果比较严重，还会伴有全身的症状，比如肌肉疼痛、浑身乏力等情况。
在治疗期间要注意尽量不要有性生活，因为这种类型的疱疹是有可能会引起传染发生的。