习惯性流产的病因复杂多样，目前认为主要的病因和治疗可分为如下几种：遗传因素、免疫因素、感染因素等。
1、遗传因素：包括夫妇双方染色体异常和胚胎染色体异常。可根据具体情况决定继续自然妊娠或进行第三代试管婴儿治疗。
2、免疫因素：包括自身免疫因素和同种免疫因素。自身免疫因素常使用妊娠期安全的免疫抑制剂或小剂量糖皮质激素治疗，同种免疫因素目前无推荐治疗方法，多为经验用药，如静脉注射丙种免疫球蛋白等。
3、感染因素：任何全身性的感染或生殖道病原体感染都可能引起习惯性流产。在孕前针对病原体进行抗感染治疗。